Avec Silence, Martin Scorsese accompli un vieux rêve: adapter le livre de Shuzaku Endo, qui retrace l'histoire de deux prêtres jésuites, incarnés par Andrew Garfield et Adam Driver, partant au Japon, au début du XVII^e siècle, à la recherche de leur mentor, le père Ferreira (Liam Neeson), mort pour les uns, ayant renié la foi catholique pour les autres. Le voyage est d'autant plus périlleux que les chrétiens sont persécutés, torturés et tués sur la place publique afin que la religion venue d'Europe ne se répande pas dans l'Archipel. 
 
Le film s'interroge ainsi sur la souffrance et l'espoir, la foi et sa propagation, la laïcité et la rébellion. Le réalisateur aura mis 28 ans pour pouvoir transposer ce roman publié en 1966, qui est toujours considéré comme le chef-d'œuvre de l'auteur, et a été vendu à 800 000 exemplaires au Japon dès sa sortie. En France, il est paru en 1971 chez Calmann-Levy et réédité en 2010 par Folio en format poche, traduit par Henriette Guex-Rolle. Le cinéaste avait découvert le roman grâce à l'archevêque new-yorkais Paul Moore qui le lui offrit après avoir vu La dernière tentation du Christ, en 1988. 
 

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Le réalisateur, dans les notes de production du film, explique: "J'ai été frappé de voir que le livre posait les questions fondamentales liées au christianisme, des questions auxquelles je tente de répondre chaque jour. Arrivé à cette époque de ma vie, je m’interroge constamment sur la foi et le doute, la faiblesse et la condition humaine – des thèmes que Sh?saku End? aborde de manière très directe."